Автор Глава администрации Краснодара, Евгений Наумов, утвердил строительство храма в зеленой зоне на набережной Юбилейного микрорайона, изменив генеральный план города. Эти изменения были внесены на фоне активных протестов со стороны горожан. Копию утвержденного документа опубликовала активистка Яна Антонова, в котором указано, что в зеленой зоне будет находиться собор Пресвятой Богородицы. Ранее эта территория считалась рекреационной, предназначенной для парков и скверов. В 2021 году обсуждение строительства вызвало массовое недовольство среди населения.
В августе 2024 года участок на набережной был выделен для храма, а кубанский губернатор Вениамин Кондратьев заявил, что «храму быть». В конце сентября проект изменений в генплане определил этот участок как «зону религиозного использования». Горожанам предоставили всего неделю, с 19 по 25 октября, для подачи замечаний к проекту. Местные жители обращались к президенту Владимиру Путину с просьбой остановить строительство и проводили протесты, которые власти пытались подавить. Некоторые активисты, включая Виталия Черкасова и Яну Антонову, столкнулись с полицией и предупреждениями. Несмотря на сопротивление, новый генплан был принят депутатами городской думы.